מעטים יודעים כי גם דגים עלולים לפתח מחלות ולהיפצע באקווריום. רגע לפני שמרימים ידיים וצופים בכל המשאבים שהושקעו באקווריום יורדים לטמיון, כדאי לנסות לאבחן את הגורם לתחלואה ולטפל בו. אם מדובר במחלה ייתכן כי ניתן עוד להציל חלק מהדגים. אם מדובר בפציעות בעקבות ציקלידים טורפים יש למהר לזהות את הדג התוקפן ולהפריד אותו משאר הדגים.
ממש כמו כל בעל חיים אחר גם הדג משנה את התנהגותו כאשר הוא לא חש בטוב או פצוע. מיד כאשר מזהים שינוי בהתנהגותו של דג מסוים נדלקת נורה אדומה, הדג ככל הנראה חולה או פצוע. תסמינים נוספים למצב גופני לא תקין הם שחייה עקומה, שינויים בצבע, פצעים על הגוף או תוקפנות מוגברת ולא מוסברת של שאר הדגים כלפי אותו הדג.
דגים מסוגלים לזהות את הדג הפצוע או החולה. ברגע שהם מזהים את החולשה הם לרוב גם פוגעים באותו הדג ומחמירים את מצבו. בכדי למנוע את החמרת המצב ולאפשר לדג להחלים או להתחזק, כדאי להעביר את הדג אל מכל מים אחר בו יוכל להשתקם. ייתכן כי מצבו הרעוע נובע מתשישות או מאבקי טריטוריה עם שאר הדגים. פעמים רבות, בעל האקווריום הוא האחרון לגלות כי מתרחשים באקווריום שלו קרבות טריטוריה בין הדגים.
ציקלידים ושאר דגים טורפים או רגילים חשופים למחלות. הנגיפים מועברים אל הדגים על ידי אוכל מקולקל, דגים חדשים שנושאים עמם חיידקים זרים, צמחים חדשים ועוד. מגדלי דגים מנוסים יודעים כי אין מנוס מהתמודדות עם מחלות, אך ניתן לצמצם את הסיכויים ולמזער את הנזקים. ציקליד הוא דג יקר ערך, מיד כאשר מופיעים סימנים לתחלואה או התנהגות חשובה כדאי לאבחן את הגורמים לבעיה. התעלמות תגרום ברוב המקרים לתמותה מהירה.
ברשימת המחלות הנפוצות שתוקפות ציקלידים אפשר למצוא : פנגוס פה או סנפיר, נקודות לבנות, את מחלת הקטיפה או הכותנה, לימפוציטיס, מחלת הניאון טטרה. ציקלידים נפגעים גם ממחלות בקטריאליות, פטריות וזיהומים וויראליים. יש לציין כי יש לדגים מערכת חיסון חזקה, היא מסוגלת להתמודד עם רוב החיידקים. אך כאשר מדובר בחיידקים חדשים או במקרים של חולשה, המחלה מתפרצת ופוגעת בדג.
ישנה נוכחות חיידקית בכל אקווריום, החיידקים בחלקם טובים וחיוניים לשמירה על בריאות הדג. ישנן בקטריות שמסייעות בהפחתת האמוניה והרעלים במים. החיידקים פוגעים בדגים בעיקר כאשר הדג נמצא במצב של לחץ, במצבים בהם איכות המים ירודה ובמקרים בהם מדובר בדג פצוע. מים מלוכלכים מכילים ריכוז חיידקים גבוה, מערכת החיסון של הדג לא מצליחה להתמודד עם מתקפת החיידקים התמידית.
כשהדג פצוע חודרים החיידקים שבמים אל תוך גופו. קשה יהיה לרפא דג כזה או למנוע את חדירת החיידקים לגופו. ציקלידים ידועים כדגים טורפים וטריטוריאליים. הם נוטים לתקוף דגים חולים או פצועים ולהחמיר את מצבם. על כן, מומלץ שלא להשאיר את הדג הפצוע באותו האקווריום, ולמלא את האקווריום אליו מועבר הדג הפצוע במים מתוך האקווריום המרכזי. הדג החלש לא יצליח להתמודד עם חיידקים זרים במים החדשים.